در دانشگاه دولتی باشکیر، پژوهش ها در چهار حوزه علمی شامل علوم طبیعی، علوم فنی، علوم اجتماعی و علوم انسانی و ۱۸ شاخه علمی متمرکز شده است. در حال حاضر این دانشگاه، دارای ۱۵ دانشکده علمی در حوزه های اصلی علوم طبیعی و علوم انسانی است.

تحقیقات بنیادی در همکاری نزدیک با موسسات دانشگاهی علوم جمهوری باشکورتستان و مرکز علمی آکادمی علوم روسیه (Ufa Scientific Center of the Russian Academy of Sciences) انجام می شود.

دانشگاه دولتی باشکر دارای هشت مرکز موفق علمی و آموزشی (SEC) است، از جمله: مرکز علمی و آموزشی شیمی (به همراه موسسه شیمی آلی زیر نظر مرکز علمی روسیه از آکادمی علوم روسیه (اوفا) و موسسه مسائل شیمی-فیزیک (Chernogolovka))؛ مرکز علمی و آموزشی نانومواد (با همکاری موسسه سوپر پلاستیسیتی تحت نظارت آکادمی علوم روسیه)؛ مرکز علمی و آموزشی اولویت های فناوری سیستم های حیات (SEC for Living System Technologies Priority Area) با همکاری موسسه بیوشیمی و ژنتیک تحت نظارت مرکز علمی آکادمی علوم روسیه، و موسسات مشابه دیگر.

این دانشگاه شش دپارتمان اصلی دارد که در داخل دانشگاه تحت نظارت موسسات علمی مرکز علمی آکادمی علوم روسیه و آکادمی علوم جمهوری باشکورتستان و همچنین پارک صنعتی باش سو (BashSU Industrial Park) و مراکز سیستم های اطلاعات زمین، ژئوفیزیک، شیمی فنی، محیط زیست و مرکز ارزیابی حقوقی و فنی فعالیت می کنند.

فعالیت های علمی جزء جدایی ناپذیر فرآیند آموزش حرفه ای هستند. دانشجویان در پروژه های تحقیقاتی و توسعه ای که با بودجه فدرال اجرا می شوند، شرکت می کنند. علاوه بر این، مجتمع های آموزشی و علمی نیز وجود دارند که بر اساس دپارتمان های دانشگاهی و دانشکده های دانشگاه فعالیت می کنند و هدف شان توسعه آخرین دستاوردهای علمی و فنی و عرضه آنها به روند آموزشی است